File size different downloaded compared to uploaded

When downloading files from the SVN bash (.sh) files are always a little bit bigger than the original committed file.
This seem to only be relevant to bash scripts as far as I can see until now. Ziped files are not affected it seems.

Using notepad++ in windows to compare the files, notepad++ informs that the files are a match. Though doing a MD5sum shows different MD5 hash.
Afraid that it might give effects on finished applications built from the SVN repo, as well as maybe corruption in files.

Anyone with any idead?

Server =
OS: Debian
Kernel: 3.2.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.46-1 x86_64 GNU/Linux
SVN: svn, version 1.6.17 (r1128011)
Apache: Apache/2.2.22 (Debian)
Transport mode: HTTP (not https)

Med vennlig hilsen
Helge Rossvoll
Seniorkonsulent, iTet AS, Mobil: 41 17 61 75
[cid:image001.png@01CEC2CA.A3B789E0]<http://www.itet.no/>
[cid:image002.png@01CEC2CA.A3B789E0]<http://www.softspring.no/>
Denne meldingen (og eventuelle vedlegg) er bare ment for mottakeren, og kan inneholde fortrolige opplysninger eller annen privat informasjon.
Hvis du mottar denne ved en feil, vær så vennlig å varsle avsender og slett meldingen.
Har du behov for hjelp fra vårt kundesenter kontakt 911_at_itet.no<mailto:911_at_itet.no> eller ring 400 00 911.
iTet er sertifisert for ISO 9001 og ISO 14001 - Vi tar kvalitet og vårt miljøansvar på alvor.
[cid:image003.png@01CEC2CA.A3B789E0]<http://www.facebook.com/itet.no>